自建房补办房产证的具体流程可能因地区而异。以下是一般的步骤，仅供参考：

1. 申请人需要向相关部门提交申请材料，包括个人身份证明、宅基地申请使用证明等。如果自建房是违章建筑或者涉及其他产权纠纷，还需要提供其他证明材料。

2. 提交申请后，相关部门会进行初审，核实申请人的身份和申请材料的真实性。如果材料不全或不符合法定形式，会要求申请人补正材料。

3. 初审通过后，相关部门会进行现场勘查和权属审核。这一步主要是为了确认房屋的位置、面积、结构等信息，并与相关的权属证明进行比对。

4. 审核通过后，相关部门会发布权属审核公告，公告期满无异议的，将进行下一步的登记工作。

5. 完成登记后，会向申请人发放新的房产证。自建房的房产证会根据具体情况标明“自建房”字样。有些地方可能会在备注栏中注明相关情况，包括土地来源和产权情况等。

具体的补办流程和所需材料可能因地区而异，建议咨询当地的房屋管理部门或相关政府机构获取详细的信息。请注意，如果自建房没有合法的建设手续或者存在其他产权问题，可能需要解决这些问题后才能成功补办房产证。