办理食品经营许可证的流程如下：

1. 填写申请表格：申请人需要根据实际情况填写申请表，包括店铺的名称、地址等信息。申请人需要在当地市场监督管理局领取相关申请表格。

2. 提交申请材料：申请材料主要包括食品经营许可证申请书、营业执照复印件、法定代表人身份证复印件等，企业需要将申请表和资料一起提交到市场监督管理局窗口。同时，需要提供从业人员的健康证原件及复印件。

3. 监管部门受理：当地市场监督管理局窗口收到申请资料后，会进行受理审查，审查内容包括资料是否齐全等。如果资料存在问题，市场监督管理部门会通知申请人补正资料并说明理由。如果资料符合要求，市场监督管理部门会进行下一步的审核准备。如果营业执照的经营范围内有“预包装食品销售”，那么可以直接申请办理食品经营许可证。如果营业执照的经营范围不包括上述内容，则需要先变更营业执照的经营范围。

4. 现场核查：如果涉及到现场核查的环节，市场监督管理局会指派工作人员前往现场进行核查。在核查过程中，会对经营场所进行实地检查，确认是否符合食品安全标准和管理要求。对于符合要求的申请人，会收到受理通知书并告知下一步操作。对于不符合要求的申请人，则会下达不予受理通知书并说明理由。如果已经注册了公司，则需要在企业信用信息公示系统中完成公示后进行办理。如果公司未注册成功或缺少公司名称，则需要预先设立好这些信息再进行许可办理申请手续流程的过程应走个体执照模式而个体不具备建立代码的权限则全程通过后可以通过发证回执确定效果发放和下发相应食品经营许可证并在管理后台系统进行赋码更新证照内容环节基本完成办理流程。至此整个办理流程结束。以上流程仅供参考，具体流程和所需材料可能因地区不同而有所差异，建议咨询当地相关部门获取具体信息。